Masová zimoviště netopýra hvízdavého mají v Evropě zhruba lineární distribuci zahrnující i Karpaty i Český masiv. Jejich role v prostorové ekologii a reprodukční biologii tohoto druhu ani jejich vztahy k biologii kryptického druhu netopýra nejmenšího (P. pymaeus) nejsou zcela objasněny. V této studii byly použity mitochondriální a mikrosatelitové markery pro analýzu populačních vzorků čtyř velkých zimovišť z České Republiky, Slovenska a Rumunska. Poprvé byla pomocí genetických nástrojů potvrzena dvě hibernakula s výlučným či podstatným masovým zastoupením netopýra nejmenšího. Nebyl odhalen žádný cytonukleární konflikt ani hybridní jaderný genotyp, tedy nebyla potvrzena raná stádia hybridizace mezi oběma druhy. Podobná genetická struktura v obou typech markerů naznačuje značný překryv mezi populacemi při swarmingu a hibernaci. Oproti P. pygmaeus byla u P. pipistrellus zjištěna vyšší genetická variabilita, což odpovídá předchozím studiím. Tomu by odpovídalo i zjištění genetických signatur silného populačního růstu právě u jedné z populací P. pygmaeus. Co se týče geografické distribuce mitochondriální variability, zatímco P. pygmaeus vykazuje homogenní populační strukturu v rámci téměř celé Evropy (a zkoumané hibernující populace značnou podobnost s většinou Evropy s výjimkou malé distance od apeninské a francouzské populace), P. pipistrellus vykazuje určitou geografickou strukturu a izolovanost geografickou vzdáleností. Analýza jaderné DNA potvrdila panmixii u obou druhů, prokázanou během vegetační sezóny, což naznačuje převahu samčího genového toku nad samičí filopatrií u obou druhů. Zkoumaní hibernující jedinci P. pipistrellus spadají do středoevropského klastru, s výjimkou dvou jedinců z keltské a jednoho jedince ze západoevropské haploskupiny, zjištěných ve Středočeské pahorkatině. Toto zimoviště se tedy zřejmě nachází v oblasti umožňující kontakt výše zmíněných haploskupin a také potenciálně na rekolonizačním a migračním rozhraní.